求助！我暑研好像被发了两份工资

我通过项目A进入了学校B，做summer research assistant，有7000的stipend。在开始项目之前，老师跟我说我的工资是从他的funding里走，项目A只是负责匹配学生和导师。我的项目开始三周了，我平时也不怎么看银行账户，最近几天我妈妈要给我打钱我就看了一眼余额，发现余额不太对。

看流水我才发现，我项目刚开始的时候从项目 A里收到了1/4的整个stipend，然后现在这一周我有收到学校给的工资（就是每周我该收到的税后的钱）。我看了学校的payroll，我现在收到的钱应该是我在这里工作第二周的钱。至于项目 A，我发现这个项目 A有四个milestone，然后我应该是每完成一个milestone就能收到1/4的stipend。我之前只完成了一个milestone （在实习开始之前完成的），上周五完成了第二个milestone，现在暂时没有收到任何其他来自A的钱。

我是本科，F1，暑研走的是cpt。cpt申请时候给的offer letter 里我的工资就是7000。所以我现在的问题是：
1. 我是不是同时被项目A和学校B发了同样的薪水？（但是学校并没有给我发第一周的工资？）
2. 这对我cpt有什么影响？对我身份有什么影响？如果有，我能退回这个工资吗？我需要咨询律师吗？
3. 我怎么报税？？学校B发的钱是税后，但是项目 A是税前无扣税
明天就打算去问问老师这到底是怎么回事儿，但是我觉得我的教授（刚来学校B）估计也不是很清楚这些流程，甚至一开始告诉我我的工资就是从他的funding里出，所以想来这边也问一下。谢谢地里各位